তিনি ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয় থেকে অর্থনীতিতে স্নাতক সম্মানসহ এমএসএস ডিগ্রি অর্জন করেন। এছাড়া যুক্তরাষ্ট্রের ইস্টার্ন মিশিগান ইউনিভার্সিটি থেকে অর্থনীতিতে মাস্টার্স এবং ইতালির আইটিসি (আইএলও) থেকে প্রোজেক্ট ফাইন্যান্সিংয়ে ডিপ্লোমা করেছেন।

মোজাফফর হোসেন কানাডা, ইংল্যান্ড, জার্মানি, ইতালি, আয়ারল্যান্ড, মালয়েশিয়া, ফিলিপাইন, সুইজারল্যান্ডসহ বিভিন্ন দেশ থেকে ব্যাংকিং এবং সেন্ট্রাল ব্যাংকিংয়ের ওপর প্রশিক্ষণপ্রাপ্ত।

মোজাফফর হোসেন খুলনা জেলার এক সম্ভ্রান্ত মুসলিম পরিবারে জন্মগ্রহণ করেন।